Планирование депортации началось еще до изгнания нацистов из Крыма. Так, 22 апреля в докладной записке на имя Лаврентия Берии крымские татары были обвинены в массовом дезертирстве из рядов Красной армии. Несмотря на то, что представители крымскотатарского народа воевали в рядах Красной армии и принимали активное участие в партизанском движении.

Крымских татар, воевавших в частях Красной армии, после демобилизации также подвергли депортации. Обвинения в отношении депортированных народов СССР были развенчаны самим КГБ СССР во время перестройки.

10 мая Берия в письме к Сталину повторил предыдущий упрек, добавив к нему "предательские действия крымских татар против советского народа" и "нежелательность дальнейшего проживания крымских татар на пограничной окраине Советского Союза". Также в письме была сформулирована предложение выселить все крымскотатарский населения в Узбекистан.

11 мая 1944 года было принято вполне тайное постановление Государственного комитета обороны № 5859сс "Про крымских татар". В ней приводились предыдущие претензии к крымскотатарскому населению - якобы массовое предательство и массовый коллаборационизм, которые стали обоснованием депортации. На самом деле никаких доказательств "массового дезертирства" крымских татар не было, а абсолютное большинство коллаборационистов погибло в боях или было осуждено в индивидуальном порядке.

Депортация крымскотатарского населения началась в 3:00 утра 18 мая 1944 года и завершилась 20 мая. К операции были привлечены 32 000 сотрудников НКВД.

Депортированным давалось на сборы от нескольких минут до получаса, разрешалось брать с собой личные вещи, посуды, бытовой инвентарь и провизию в расчете до 500 кг на семью. На самом деле удавалось собрать в среднем 20-30 килограммов вещей и продуктов, абсолютное большинство имущества оставалось и было конфисковано государством.

Во время главной волны депортации выселено около 200 000 крымских татар, для перевозки которых было использовано 70 эшелонов.

При переезде погибли около 8 000 человек, большинство из которых - дети и пожилые люди. Самые распространенные причины смерти - жажда и тиф.

Последний эшелон с депортированными прибыл в Узбекистан 8 июня, часть крымских татар в дороге погибла.

За первые три года после переселения от голода, истощения и болезней умерли, по разным оценкам, от 20 до 46% всех депортированных. Среди умерших за первый год почти половина - дети до 16 лет.

Подавляющее большинство крымских татар перевезли в так называемые спецпоселения - окруженных военизированной охраной, блокпостами и огражденных колючей проволокой территорий, которые скорее напоминали трудовые лагеря, а не поселение мирных людей. Приезжие были дешевой рабочей силой и их использовали для работы в колхозах, совхозах и на промышленных предприятиях.

4 июля 1944-го, НКВД официально проинформировал Сталина о том, что спецоперация "переселения крымских татар" завершена.

14 июля 1944-го в Крым позволили переселиться 51 000 человек, преимущественно россиян. Им предоставили для проживания опустевшие дома крымских татар.

30 июня 1945 года советская власть отменила автономию Крымской АССР и присоединила Крым к Российской СФСР.

В 1948 году Москва признала крымских татар пожизненными переселенцами. Тех, кто без разрешения НКВД выходил за пределы своего спецпоселения, например, чтобы навестить родственников, нарывались на 20-летнее заключение. Такие случаи были.

В течение 1950-х и 1960-х годов татары боролись за свое право вернуться на историческую родину, в том числе с помощью демонстраций в узбекских городах. В 1968 году поводом одной из таких акций стал день рождения Ленина. Власть ответила силой и разогнала митинг.

Политические акции крымских татар привели к политическому успеху. 5 сентября 1967 года Президиум Верховного Совета СССР издал Указ "О гражданах татарской национальности, проживавших в Крыму", который отменял обвинения в измене крымских татар, однако провозглашал якобы полное укоренение крымских татар в Узбекистане.

Постепенно крымским татарам удалось добиться расширения своих прав. Однако неформальный, но от этого не менее строгий запрет на их возвращение в Крым, действовал до 1989 года.

В 2006 году курултай крымскотатарского народа обратился к Верховной Раде с просьбой признать депортацию геноцидом. В 2015 году Верховная Рада Украины признала депортацию крымскотатарского народа в 1944 году геноцидом. 245 депутатов поддержали соответствующее решения. 18 мая установлен как День памяти жертв геноцида крымскотатарского народа. Отдельной поправкой осудили современные притеснения крымских татар.