Имя Алесандра Маринеско до сих пор легендарно среди моряков подводного флота. Зарубежная пресса называла его преступником, а Военно-морское командование Советского Союза награждало и наказывало, присваивало внеочередные звания и разжаловало. Оценка его личности, как при жизни, так и после смерти колебалась в очень широких диапазонах: от рыцаря без страха и упрека до пьяницы, и дебошира, от легендарного героя войны до едва ли не военного преступника.

Прославился капитан 3-го ранга после своего пятого похода и так называемой "Атаки века", в результате которой были потоплены два крупных транспорта противника — "Вильгельм Густлофф" и "Штойбен". Перед этим походом командующий Балтийским флотом В. Ф. Трибуц решил предать Маринеско суду военного трибунала за самовольное оставление корабля в боевой обстановке (в предновогоднюю ночь командир на двое суток покинул корабль, экипаж которого за это время отличился выяснением отношений с местным населением), но исполнение этого решения задержал, дав возможность командиру и экипажу искупить вину в боевом походе. Таким образом, С-13 стала единственной "штрафной" подлодкой советского флота.

Оценки действиям Маринеско и экипажа С-13 сильно разнятся, от чрезвычайно положительных до осуждающих.

В некоторых немецких публикациях периода холодной войны, потопление "Густлоффа" называется преступлением против мирного населения. Однако исследователь катастрофы Гейнц Шён заключает, что лайнер представлял собой военную цель и его потопление не являлось военным преступлением.

Памятники А. И. Маринеско установлены в Одессе, Калининграде и Кронштадте.

Знаменитому подводнику посвящены фильмы "О возвращении забыть" (1985) и "Первый после Бога" (2005). Потопление "Вильгельма Густлоффа" описывается в романе Гюнтера Грасса "Траектория краба".

Первый музей имени Маринеско был открыт в 1983 году в Одессе силами учеников школы.