Агентством будет руководить Совет состоящий из 15 человек, которые будут выбираться на конкурсной основе. Для работы в НАКО наличие молдавского гражданства не является обязательным условием. Это сделано для того чтобы можно было привлекать иностранных экспертов в рамках обмена опытом. На финансирование новой структуры в бюджете на следующий год заложено 2 миллиона леев.

Депутат от ЛП Корина Фусу высоко оценила уровень проработки проекта закона, а также активное участие представителей ВУЗов в его разработке. Создание Национального агентства по оценки качества образование призвано упорядочить работу учебных заведений, проводить мониторинг учебных программ и аккредитовать учебные заведения. По данным статистики, 20 из 34 университетов страны работают полулегально, без лицензии и аккредитации.